عملکرد چند برنامه رایانه ای را میتوان با نرمافزار فعال ضد ویروس مختل کرد. به عنوان مثال، TrueCrypt، یک برنامه رمزگذاری دیسک، در صفحه عیبیابی خود اعلام میکند که برنامههای ضد ویروس میتوانند با TrueCrypt در تضاد بوده و باعث نقص آن شوند یا بسیار کند عمل کنند. نرمافزار ضد ویروس میتواند عملکرد و پایداری بازیهای در حال اجرا در سکوی Steam را مختل کند.
مشکلات پشتیبانی همچنین در مورد قابلیت همکاری برنامه آنتیویروس با راه حلهای رایج مانند دسترسی از راه دور SSL VPN و محصولات کنترل دسترسی به شبکه وجود دارد. این راه حلهای فناوری اغلب دارای برنامههای ارزیابی سیاست هستند که به نصب و راه اندازی آنتیویروس به روز نیاز دارند. اگر برنامه آنتیویروس با ارزیابی خط مشی شناخته نشود، چه بخاطر اینکه برنامه آنتیویروس به روز شده باشد یا بخاطر اینکه جزئی از کتابخانه ارزیابی خط مشی نیست، کاربر قادر به اتصال نخواهد بود.
مشکلات پشتیبانی همچنین در مورد قابلیت همکاری برنامه آنتیویروس با راه حلهای رایج مانند دسترسی از راه دور SSL VPN و محصولات کنترل دسترسی به شبکه وجود دارد. این راه حلهای فناوری اغلب دارای برنامههای ارزیابی سیاست هستند که به نصب و راه اندازی آنتیویروس به روز نیاز دارند. اگر برنامه آنتیویروس با ارزیابی خط مشی شناخته نشود، چه بخاطر اینکه برنامه آنتیویروس به روز شده باشد یا بخاطر اینکه جزئی از کتابخانه ارزیابی خط مشی نیست، کاربر قادر به اتصال نخواهد بود.