در مسیر مصر ابتدا به مالت رفت که دراختیار شوالیههای سنت جان قرار داشت و آنجا را تصرف کرد. به دلیل اصلیت فرانسوی ۲۰۰ شوالیه این گروه و نارضایتی آنان از فرمانده آلمانی خود، مقاومت چندانی در برابر حمله ناپلئون صورت نگرفت بهطوریکه تلفات ارتش وی در این نبرد تنها سه نفر بود.[۵۸][۵۹]
ناپلئون و ارتش وی از تعقیب نیروهای بریتانیایی در امان ماندند و نهایتاً در اول ژوئیه به اسکندریه رسیدند. در ۲۱ ژوئیه نبرد اهرام بین فرانسویان از یک طرف و ممالیک مصر و نیروهای امپراتوری عثمانی از طرف دیگر درگرفت که با پیروزی فرانسویان خاتمه یافت. اما در اول ماه اوت همان سال نیروی دریایی بریتانیا موفق شد در نبرد نیل به فرماندهی هوریشیو نلسون ضربه سنگینی به ناوگان فرانسه وارد کند، بهطوریکه به غیر از دو کشتی مابقی اینناوگان غرق یا تصرف شد. این شکست رؤیای ناپلئون برای حضور قدرتمند در مصر را به چالش کشید. بعداً در اوایل سال ۱۷۹۹ ناپلئون نیروهای خود را به سمت دمشق راند و با ۱۳۰۰۰ سرباز تحت امر خود موفق به تصرف شهرهای بندریعریش، غزه، یافا و حیفا شد. در این میان تصرف یافا بسیار بیرحمانه بود بهطوریکه برای صرفهجویی در مصرف مهمات ۱۴۰۰ اسیر با سرنیزه به قتل رسیدند یا غرق شدند و کشتار و غارت در این شهر تا سه روز ادامه داشت.[۶۰][۶۱]
ناپلئون و ارتش وی از تعقیب نیروهای بریتانیایی در امان ماندند و نهایتاً در اول ژوئیه به اسکندریه رسیدند. در ۲۱ ژوئیه نبرد اهرام بین فرانسویان از یک طرف و ممالیک مصر و نیروهای امپراتوری عثمانی از طرف دیگر درگرفت که با پیروزی فرانسویان خاتمه یافت. اما در اول ماه اوت همان سال نیروی دریایی بریتانیا موفق شد در نبرد نیل به فرماندهی هوریشیو نلسون ضربه سنگینی به ناوگان فرانسه وارد کند، بهطوریکه به غیر از دو کشتی مابقی اینناوگان غرق یا تصرف شد. این شکست رؤیای ناپلئون برای حضور قدرتمند در مصر را به چالش کشید. بعداً در اوایل سال ۱۷۹۹ ناپلئون نیروهای خود را به سمت دمشق راند و با ۱۳۰۰۰ سرباز تحت امر خود موفق به تصرف شهرهای بندریعریش، غزه، یافا و حیفا شد. در این میان تصرف یافا بسیار بیرحمانه بود بهطوریکه برای صرفهجویی در مصرف مهمات ۱۴۰۰ اسیر با سرنیزه به قتل رسیدند یا غرق شدند و کشتار و غارت در این شهر تا سه روز ادامه داشت.[۶۰][۶۱]