مهارت وی در ریاضی و معماری و مهندسی معروف بوده و از مهم ترین خدمات شیخ بهایی در رونق بخشیدن به شهر اصفهان تعیین سمت قبله مسجد شاه (امام) اصفهان است. این قبله یابی که با استفاده از ابزارهای آن زمان صورت پذیرفته هفت درجه با جهت واقعی قبله اختلاف دارد. تقسیم آب زاینده رود به محلات اصفهان و روستاهای مجاور رودخانه، ساخت گلخن گرمابه ای است که هنوز در اصفهان مانده معروف به حمام شیخ بهائی و طراحی منار جنبان اصفهان که هم اکنون نیز پا برجاست به او نسبت داده می شود. همچنین طرح ریزی کاریز نجف آباد-اصفهان است که به نام قنات زرین کمر، (یکی از بزرگترین کاریزهای ایران) و معماری مسجد شاه (امام) اصفهان و مهندسی حصار نجف و شاخص تعیین اوقات شرعی (ساعت آفتابی در مغرب مسجد شاه (امام)) را به او نسبت می دهند.
